古より人が「妖魔」に喰われる存在であったこの世界。人は長く妖魔に対抗する手段を持てずにいた…。だが背に大剣を背負い、妖魔と戦い続ける一人の戦士が現れ…。「クレイモア」と呼ばれる少女の戦いが始まる!!
漫然と生きてきた25歳の大場加奈子は、ある日、小銭欲しさから闇サイトのバイトへ足を踏み入れる。犯罪へと巻き込まれ、絶体絶命の窮地に陥った時、謎の男・ボンベロに、その身を買われ命拾いをする。だが、安堵したのも束の間、辿り着いたのは、殺し屋専用の会員制ダイナーだった。冷徹な料理人・ボンベロと凶暴な殺し屋の狭間で、加奈子の残酷なウェイトレス人生が幕を開けた──!!
昭和30年7月。水上真理雄をはじめ、凶悪犯とされる6人の少年たちが、湘南特別少年院に送られてきた。教官から虫ケラのように扱われ、屈辱的な身体検査を受けた後、彼らは二舎六房という部屋に入れられる。そこには桜木六郎太という年長者がいて…。俺たちは生き残る。いつか必ず外(シャバ)に出る!昭和30年、湘南特別少年院の二舎六房に入れられた7人の少年たちを描く、壮絶な時代の青春群像!!
『助けて』そう言葉を残し、雨宮桜子は姿を消した。夜科アゲハは彼女を捜すため、連続“神隠し”失踪事件に関わる都市伝説「秘密結社サイレン」へとアクセスする。そして、アゲハの命を懸けたゲームが始まった!!