巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。
“東京”には、或るひとつの「絶望」が潜む…。群衆に紛れ、人間を狩り、その死肉を喰す怪人、人はそれを「喰種(グール)」と呼ぶ。青年が怪人に邂逅したとき、数奇な運命が廻り始める──!
群集に紛れ、ヒトの肉を喰らう。ヒトの形をしながら、ヒトとは異なる存在…“喰種"。“喰種"を駆逐・研究する〔CCG〕は、あるひとつの命題を果たすため、実験体集団を新設。──その名は「クインクス」。「まともな人間」ではない彼らと、佐々木琲世一等捜査官が“東京"で向き合うものとは──!?