二〇九六年九月のある日、達也たちの自宅を従姉弟の黒羽亜夜子と文弥が訪れる。彼女らが携えてきた四葉家当主・真夜からの手紙、それはパラサイドール事件の黒幕であるテロリスト・周公瑾の捕縛について達也へ協力を乞うものだった。依頼を果たすため、達也は十師族の一つ・九島家の先代当主である九島烈に面談を申し込む。それは、古くから続く魔法師たちの因縁の輪の中へと飛び込むことを意味していた??!!
司波達也を殺す!? 前代未聞のストーリー、コミック化！西暦二〇九四年。魔法が現実の技術として確立し、魔法師の育成が国策となった時代。暗殺を生業とする少女・榛有希は、その現場をある男子中学生に目撃されてしまい――。
司波深雪のもとへ、四葉本家から手紙が届く。それは一族の有力者が集まる新年の集い「慶春会」への招待状。文面から深雪は、自分が四葉家次期当主へ指名されると予感する。しかし、後継者に選ばれれば、同時に相応しい「婚約者」を迎えなければならず…。「入学編」、「九校戦編」、「ダブルセブン編」に続き、きたうみつなが原作16巻エピソードをコミカライズ！
魔法界に公表された、司波深雪の四葉継承と婚約。しかし、十師族の一条家から異議が申し立てられる。一方、魔法科高校では、素性を隠していた司波兄妹を敬遠する空気が流れ、達也と深雪は孤立してゆく……。二人の新たな関係性を描いた、大人気エピソードを新鋭・竹田羽角がコミック化！
二〇九七年三月。イギリスが誇る戦略級魔法師、ウィリアム・マクロードはオーストラリア軍と提携し、日本を標的とした作戦を進めていた。一方、達也と深雪は四葉真夜から呼び出しを受け、沖縄に行くことを依頼される。表向きは、五年前に起こった沖縄侵攻事件の慰霊祭に十師族の公務として参加するため。しかし真の目的は、人工島の竣工記念パーティーを狙ったテロ計画を止めることにあった。南洋の小島を舞台に、複数の思惑が交差する大事件がいま始まりつつあった……。
「ディオーネー計画」とそれを取り巻く陰謀に対抗すべく、司波達也は「ESCAPES計画」公表に向けた準備を進める。四葉真夜の仲介を得て、達也は四葉家のスポンサーである東道青波と面会するが、東道は達也の計画を支援する代わりにある条件を突きつけるのだった。それから数日、全世界が司波達也の動向に注目する中、フォア・リーブス・テクノロジー本社で「トーラス・シルバー」の記者会見が始まった……！
伝説の魔法師・司波達也とその妹・深雪が卒業して一年。魔法科高校に二人の少女が入学する。 十文字アリサと遠上茉莉花。たくさんのドキドキワクワクに胸踊らせながら、二人の魔法科高校での生活が幕を開ける！
魔法科高校一年生としての深雪たちの日々も、終盤にさしかかった二〇九六年一月。雫は交換留学生として、ひとりＵＳＮＡ（北アメリカ大陸合衆国）へと旅立つ。代わりにＵＳＮＡから一高へとやってくるのはアンジェリーナ＝クドウ＝シールズという名の可憐な少女。しかしその正体は特殊部隊スターズを率いる戦略級魔法師、アンジー・シリウスだった。彼女の目的は、「灼熱のハロウィン」を引き起こした魔法師を突き止めること。そして、その容疑者リストには司波達也と深雪の名があがっていた……。
二〇九七年四月、新年度を迎え司波達也と深雪の兄妹は三年生に進級した。魔法科高校の今年の新入生首席は、十師族・三矢家の直系である三矢詩奈。彼女とその幼馴染みにして二科生、矢車侍郎が一高に新たな波乱を巻き起こす!? 一方、南アメリカではブラジル軍がゲリラ掃討のため戦略級魔法を使用、膨大な死者が出る結果となった。そのニュースは世界中の人々に衝撃を与え、各地で反魔法運動が活発化、さらには各国が抱える戦略級魔法師・十三使徒にまで影響を及ぼすことに……。