兄・エドワード・エルリック、弟・アルフォンス。2人の若き天才錬金術師は、幼いころ、病気で失った母を甦らせるため禁断の人体錬成を試みる。しかしその代償はあまりにも高すぎた…。錬成は失敗、エドワードはみずからの左足と、ただ一人の肉親・アルフォンスを失ってしまう。かけがえのない弟をこの世に呼び戻すため、エドワードは自身の右腕を代価とすることで、弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功。そして兄弟は、すべてを取り戻すための長い旅に出る…。
群集に紛れ、ヒトの肉を喰らう。ヒトの形をしながら、ヒトとは異なる存在…“喰種"。“喰種"を駆逐・研究する〔CCG〕は、あるひとつの命題を果たすため、実験体集団を新設。──その名は「クインクス」。「まともな人間」ではない彼らと、佐々木琲世一等捜査官が“東京"で向き合うものとは──!?
号令と共に教室を満たす銃声! 椚ヶ丘中学校3年E組は生徒全員が先生の命を狙う暗殺教室。教師と生徒、標的と暗殺者の異常な日常が始まる――!!