幼い頃に亡くした漁師の父親の言葉から、人命救助を志す新米潜水士の神林兵悟(かんばやし・ひょうご)。配属から4か月、ついに本物の海難に遭遇する!まっすぐ立っていられないほど荒れた海、見えない目標、ダメかと思ったその時、兵悟は潜水士の最高峰「特殊救難隊」のレスキューを目撃する!!
韓国大統領の来日に向け、警備に追われるNPS隊員たち。しかし、雑用を押し付けられた神御蔵の近くで無差別殺傷事件が発生。犯人の命を奪ってでも事態を解決する制圧部隊SATが出動したため、NPSの出番はないとの命令だが、たまらず駆け出した神御蔵が見たものは…!?
南極での実験中に突如発生した謎の大地震。幾は父と共にその脅威に巻き込まれてしまう。家族の無事を祈る諒と母だが、大地震の後の世界は変容を遂げ、未曽有の洪水が発生し…。現代に警鐘を鳴らす黙示録が今開かれる――。