故郷の村を後にして、東京で平穏な大学生活を送る匡平は、想いを寄せていた日々乃に告白しようとしていた。だがその日、彼女と2人きりになったところで惨殺された遺体を見つけてしまう。さらに帰宅途中、正体不明のモノに襲われた匡平のもとに、故郷から案山子(カカシ)と呼ばれる奇妙な人形を操る、妹の詩緒が訪ねてきて…。
久住秋央はヴァイオリンを習う少年。秋央は幼馴染みの少女・迫田美月の父親がコンサートマスターを務めるコンサートの練習を見に来ていた。だが、指揮者の曽成氏とオーケストラの息は全く合わず、休憩時に曽成氏は失踪。そこへ現れた少女が、父に代わりだといきなり指揮を振り始め…!?天才少女との鮮烈な出会い…そして、秋央は成長し…音を奏でる若者達の音楽青春ストーリー!!
“漆黒”を纏う時、少女は身も心も獣となる終末後の地球。地上には“混じり者(ウェイカー)”と蔑まれている半獣人が住んでおり、彼らは地球の軌道上にあるスターガーデンに住む混じり気のない人間たち“天族”によって支配されていた。ある時、一人の少女が地球最後の街ウルティマキャッスルに現れる。彼女の名は、ジギィ。ジギィは“漆黒(ピッチ・ブラック)”という生きる兵器と融合し、漆黒の獣となれるのだった。ジギィの目的は、自分を陥れた兄ヴァレンティーンへの復讐。ウルティマキャッスルの執政官となり、地球に降り立ったヴァレンティーンに、ジギィは情け容赦ない戦いを挑むのだった――