遠い未来。人類の起こした傍若無人な振る舞いによって、生命の生態系は崩れ、世界は崩壊の危機を迎えてしまう。この崩壊した世界から人類を救うため、9人の幹部組織「虹組」を頂点にした、特殊な能力を持つ人間達によって構成された組織「国際平和隊」がつくられる。かれらの活躍によって再び平和な日々が訪れたかにみえた。しかし、ある日「虹組」のメンバーであったひとりの男が、ひとりの女を連れ去って逃亡したことによって、それは揺らぎ始める。男の名はNo.吾(ナンバーファイブ)。女の名はマトリョーシカ。何故彼は反逆を企てたのか。今、世界が動き始める。