長門烈は、何をやってもぱっとしない高校一年生。入学した佐倉神城高校も、第3希望の高校だ。しかも入学早々、先輩からのヤキ入れにあい、烈は理不尽なものを感じつつも、たちうちできない。そこに現れたのが2年生の阿南俊。彼は、簡単に烈たちを救い出す。そんな阿南の姿に惚れた烈は、彼のようになりたいと、阿南の所属する剣道部に赴く。
江戸末期。理想の武士になるために、最強集団・新選組をプロデュースした男、土方歳三。彼を中心に新たな視点から語られる幕末青春伝。苛烈な男達の生き様を描く意欲作!!元治元(1864)年。京の都を賑わす新選組は、不貞浪士にも厳しい取り締まりを行っていたが、身内に対してもその厳しさは発揮されていた。市内巡回の斬り合いの際、戦う意欲を見せなかった者は、副長・土方歳三により容赦なく切腹を命ぜられていた。鬼と恐れられながらも歳三は、素人の寄せ集めである新選組を最強の武装集団へ育てようとしていた…。
島からの脱出を試みる浪人者。しかし海には人食い鮫が、そして島の中には腐敗した死体が山となっていた。その島・獄門島は、清長の趣向で重罪人ばかりが送り込まれ、その罪人同士が殺し合いをし、最後に生き残った七人だけが助かるという、囚人の闘技場だったのだ。浪人者は、傷を負った男に出会う。その男はすぐに息絶えるが、死ぬ間際、浪人者に清長への書状を託した。しかしその書状は、殺されそうになったところを救ってやった“ガキ”に盗まれてしまう。さらに、罪人集団の頭である大猿(ましら)、笛を吹く謎の剣士・狐火といった男たちも現れ、島での熾烈なサバイバルが始まる…。