帝都に、少年スパイ現る!誰もみたことの無い冒険物語、いざ開幕!昭和十二年四月。一人の少年が、この国の運命を左右するかもしれない大事件に巻き込まれようとしていた。事件は、本編の主人公・柴田英人の登校途中に起こった。美少女が何者かに襲われている場面に遭遇したのだ。正義感の強い英人少年は、その類稀なる身体能力で悪党を撃退し、美少女を救出する。しかし、助けてあげたその美少女に奪われてしまうのだ、初接吻と学生手帳を。英人少年の前に、再び現れる例の美少女。彼女を追い、英人は、とある雑居ビルに迷い込んでしまう。待ち構えていたのは「神田商会」と銘打った、いかにも怪しい会社であった。そこで英人少年は、「帝国少年諜報部」にスカウトされるのだが…続きは、本編を読むべし!