宇宙ステーションと隕石の接触事故で地球に落下した遺伝子が突然変異を引き起こす謎のウイルスによって人類が絶滅に瀕した。 ウィルスに対抗する為に地上2万mで水爆を大量に爆発させてオゾン層を破壊して 細菌を殲滅するという人類自決指令を発動させる。これによって地上・海上の人類・生物が全滅するが海の生物は助かることに。最後の人類に残されたのは実験海底都市「ブルーシティー」の科学者2万人と子供10人。 地球はオゾン層破壊に伴って南極の氷が溶け海面が30m上昇していくが、この一連の謎のウイルスは人類を水棲人化しようというドクター・ジェノサイトが放った病原体G7と判明する。海底に残された人類と水棲人類の戦いが幕を開ける。