闇を走りカラテで殺す! 奥ゆかしいニンジャコミック! 舞台はネオサイタマ。ネオンの明かりと深夜の闇の狭間に散るのはカラテとスリケンの火花。 アイサツに始まり爆発四散に終わるニンジャの戦い! 全米初ツイッター経由のサイバーパンクニンジャ活劇がコミックで登場! 平凡なサラリマンだったフジキド=ケンジの日常は、唐突に終わりを告げた。 マルノウチ・スゴイタカイビルでのニンジャ同士の抗争に巻き込まれ、妻子の命は奪われ、自らも重傷を負う。 生死をさまよう彼に、何者かの声が囁きかける。「ニンジャに復讐せよ」と。 かくして、ニンジャソウルをその身に宿したフジキドはニンジャを殺す者=ニンジャスレイヤーとなって、復讐を果たすため闇を走る!
トラウマから笑えない少年・忍者<しのは>、表向きはエリート会社員ながら裏では組を牛耳る極道<きわみ>。そんな2人が出会った時、300年にわたる忍者<ニンジャ>と極道<ゴクドウ>の殺し合いの炎が熱く燃え盛る!孤独を抱えた漢達による、情熱と哀切に彩られた命のやり取り。決めようか…忍者と極道、どちらが生きるかくたばるか!