最強台風が近づき、荒波が押し寄せる種子島の岩場に謎の女性たちが現れ、海中に何かを投げ入れた。直後、台風は跡形もなく消え失せ、台風に代わり現れたのは超大型の戦艦。その大型艦は、40キロの沖合から沖縄本島の米軍基地を砲撃し…。そして時はさかのぼり、沖縄本島の東方沖に浮かぶ、神の島と呼ばれる久高島から謎は始まる…!!
宇宙ステーションと隕石の接触事故で地球に落下した遺伝子が突然変異を引き起こす謎のウイルスによって人類が絶滅に瀕した。 ウィルスに対抗する為に地上２万ｍで水爆を大量に爆発させてオゾン層を破壊して 細菌を殲滅するという人類自決指令を発動させる。これによって地上・海上の人類・生物が全滅するが海の生物は助かることに。最後の人類に残されたのは実験海底都市「ブルーシティー」の科学者２万人と子供10人。 地球はオゾン層破壊に伴って南極の氷が溶け海面が30ｍ上昇していくが、この一連の謎のウイルスは人類を水棲人化しようというドクター・ジェノサイトが放った病原体Ｇ７と判明する。海底に残された人類と水棲人類の戦いが幕を開ける。
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